Lembaga Penjamin Mutu (LPM) Institut Pesantren Babakan (IPEBA) Cirebon dibentuk sebagai bukti komitmen IPEBA untuk menjaga dan meningkatkan mutu pendidikan, serta mendukung pelaksanaan Tri Dharma Perguruan Tinggi. Pendirian LPM selaras dengan visi IPEBA, yaitu menjadi perguruan tinggi unggul, kompetitif, dan inovatif, berlandaskan nilai-nilai kepesantrenan berbasis Akidah Ahlus Sunnah Wal Jama’ah An-Nahdliyah di tingkat internasional pada tahun 2045.
Pembentukan LPM diawali melalui serangkaian pertemuan antara pimpinan dan senat, yang bertujuan untuk merumuskan kebijakan strategis terkait sistem penjaminan mutu di lingkungan IPEBA. Pada tahun 2015, LPM secara resmi menjadi bagian dari struktur organisasi institusi melalui Surat Keputusan Rektor, dengan mandat utama untuk memastikan pelaksanaan kebijakan mutu dalam aspek pendidikan, penelitian, dan pengabdian masyarakat. LPM juga bertanggung jawab atas pengembangan mekanisme audit mutu internal dan fasilitasi pencapaian akreditasi program studi serta institusi secara berkelanjutan.
Sebagai lembaga yang fokus pada peningkatan mutu, tugas utama LPM meliputi koordinasi, pemantauan, audit, serta pengembangan standar pendidikan tinggi secara sistematis dan konsisten. Dalam menjalankan fungsinya, LPM membawahi dua pusat utama: 1) Pusat Pengembangan Standar Mutu, yang bertugas mengembangkan dan memperbarui standar mutu pendidikan sesuai kebutuhan. 2) Pusat Audit dan Pengendalian Mutu, yang bertanggung jawab memastikan penerapan standar tersebut melalui proses audit internal secara berkala.